Tạp chí Khoa học Trường Đại học Phú Yên (sau đây gọi tắt là Tạp chí Khoa học) nằm trong hệ thống báo chí thuộc sự quản lý về hoạt động báo chí của Sở Thông tin Truyền thông Phú Yên và Bộ Thông tin – Truyền thông (nay thuộc Sở Văn hóa, Thể Thao và Du lịch Phú Yên và Bộ Văn hóa, Thể Thao và Du lịch). Tạp chí Khoa học là cơ quan báo chí, cơ quan ngôn luận của Trường Đại học Phú Yên; đồng thời là diễn đàn khoa học thông tin chuyên sâu, chuyên ngành; giới thiệu, công bố kết quả nghiên cứu khoa học thuộc các lĩnh vực đào tạo, giảng dạy của Trường Đại học Phú Yên.

Tiền thân của Tạp chí Khoa học là tập san Thông báo Khoa học của Trường Đại học Phú Yên, được thành lập năm 2007. Năm 2012, Tạp chí Khoa học được Bộ Thông tin – Truyền thông cấp giấy phép hoạt động số 1167/GP-BTTTT ngày 29/06/2012 (giấy phép có hiệu lực trong 10 năm). Đến ngày 27/03/2023, Tạp chí Khoa học được cấp lại giấy phép mới số 101/GP-BTTTT. Sự thành lập và phát triển của Tạp chíKhoa họcphù hợp với Quy hoạch phát triển báo chí của tỉnh Phú Yên; Phù hợp với quy hoạch hệ thống báo chí toàn quốc. Tính đến nay, Tạp chí Khoa học đã tròn 13 tuổi. Mười ba năm - một chặng đường vẻ vang, xây dựng và phát triển, Tạp chí Khoa học ngày càng lớn mạnh cùng với sự phát triển không ngừng của ngành báo chí Phú Yên nói riêng và báo chí cả nước nói chung.

          Trong chặng đường hoạt động, dưới sự lãnh đạo của Đảng bộ và Ban Giám hiệu Trường Đại học Phú Yên, Tạp chí Khoa học đã không ngừng nỗ lực, phấn đấu, khắc phục mọi khó khăn để vươn lên, phát triển về mọi mặt. Vừa từng bước xây dựng tổ chức, đào tạo và bồi dưỡng cán bộ, vừa đẩy mạnh hoạt động xuất bản, nâng cao chất lượng nội dung nghiên cứu. Tạp chí Khoa học đã phục vụ đắc lực cho công tác đào tạo, công tác nghiên cứu khoa học của Trường Đại học Phú Yên và nhiều cơ sở đào tạo, viện nghiên cứu có liên quan trong nước. Nhiều nhà nghiên cứu, nhà khoa học, học viên cao học, nghiên cứu sinh đã tin tưởng chọn Tạp chí để công bố các kết quả nghiên cứu khoa học của mình. Qua đó, góp phần nâng cao vị thế khoa học của Tạp chí nói riêng và của Trường Đại học Phú Yên nói chung.

          Ngay từ khi mới thành lập, lãnh đạo Trường Đại học Phú Yên đã phân công PGS.TS Nguyễn Thị Thu Trang, Phó Hiệu trưởng giữ cương vị lãnh đạo Tạp chí, là Tổng Biên tập đầu tiên của Tạp chí Khoa học. Đến năm 2019, TS. Trần Lăng, Phó Hiệu trưởng được phân công làm Tổng Biên tập. Từ năm 2023 đến nay, TS. Đào Nhật Kim đảm nhận vị trí Tổng Biên tập Tạp chí Khoa học.

          Cơ cấu tổ chức của Tạp chí Khoa học hiện nay gồm: Ban Biên tập, Ban Thư ký - trị sự và Hội đồng biên tập. Các viên chức Tạp chí đều là giảng viên kiêm nhiệm. Trong đó, có 1 Tiến sĩ, 01 Thạc sỹ, 01 viên chức có trình độ cao cấp chính trị, 02 viên chức có chứng chỉ bồi dưỡng nâng cao kiến thức quản lý nhà nước về báo chí. Hội đồng biên tập gồm 19 người trình độ tiến sĩ, trong đó có 3 GS và 5 PGS.

Cùng với việc chú trọng nâng cao chất lượng nội dung, hình thức của từng số,Tạp chí Khoa học đã thực hiện nghiêm túc yêu cầu theo tiêu chuẩn quốc tế về chất lượng khoa học và thể thức đăng bài trong các tạp chí khoa học. Bắt đầu từ số 25 - tháng 02/2020, Tạp chí Khoa học đã chuẩn hóa các nội dung trên tạp chí in, như: tên tạp chí và cơ quan chủ quản có song ngữ tiếng Việt và tiếng Anh; tóm tắt, từ khóa bài báo; ngày tòa soạn nhận bài, ngày phản biện đánh giá và sửa chữa, ngày được duyệt đăng... được đông đảo bạn đọc, cộng tác viên trong cả nước đánh giá cao.

Hiện nay, Tạp chí tập hợp được một đội ngũ đông đảo hơn 200 cộng tác viên, trong đó có nhiều cộng tác viên hết sức tích cực, công tác ở nhiều ngành, học viện và trường đại học, đóng góp làm phong phú thêm nhiều nội dung, mở rộng, đi sâu vào nhiều vấn đề nghiên cứu, tăng cường sự hấp dẫn của Tạp chí.